Тема заезженная судя по ссылкам интернете.
Тем не менее, Что делать не совсем ясно.

При проведении различных документов списания товара может возникнуть это сообщение - у меня на документах Перемещение и реализация.

Причина - в заложенном алгоритме.
Остаток товара высчитывается по Бухгалтерскому регистру с отбором по подразделению - в нем остаток по какой-то партии есть.

При списании количество для НДС списывается по регистру - в моем случае- НДС по приобретенным ценностям - в котором подразделения нет и по этой партии остатка нет.
Странно, конечно, что списываются по разным партиям .

Пока нашел глупый, возможно, выход- операцией добавляю запись в регистр накопления.

Есть ли другой. правильный способ ?

(0) Раздельный НДС?

привести партии в порядок будет правильный способ
а еще всем кто лупит ручные операции - стальным метром по пальцам, включая себя лично

(1) Да

(2) Привести в порядок- как?
Партия 15 года :(

(3) Ручной операцией ничего не сделаете. Полностью поддерживаю (2).
(4) А в 15 году раздельным НДС и не пахло. И чего вы хотите?
открой реализацию (которая проводится) и посмотри какие регистры. Должно стать все понятно.

(4) а что есть несколько вариантов?