у договора, выставлен не правильный контрагент, и связка правильного договора и не нужного контрагента, участвует в документах

Думаю может создать заново, нужного контрагента и нужный договор и перенести ссылки на них обработкой поиск и замена значений.

или как лучше поступить.

Написать обработку из 3х строчек.

(1) это каких если не секрет?

об = ЭтотОбъект.Договор.Получитьобъект();
об.Контрагент = ЭтотОбъект.Контрагент;
об.ОбменДанными.Загрузка = истина;
об.Записать();

Ну да, ошибся, 4 строчки.
И на форму договор и контрагента вынести. Это в УФ, 8.3.13

(3)А в документах?

(3) документы есть по закрытым периодам

(4) Это скучно и обсуждать даже не хочется.
раззвиздяйство не лечится программными способами.

(6)Хорошая фраза, надо запомнить))

Обычно у контрагента не тот договор бывает в документах (как правило там где забыли поставить очищать при смене владельца), а вот чтоб наоборот. Ведь и в ОСВ у вас не там обороты висят и только сейчас заметили?
Если не лезть в прошлые периоды, то ручной операцией перенести (и то ее программно создавать придется, т.к. не даст выбрать "не того").

П.С. А сменить в договоре контрагента можно и просто выбрав другого в форме элемента, это же не 7.7