(1) если нужно полностью удалить код и писали не инопланетяне, тогда делайте фильтр по подсистемам удаляемой конфигурации и физически удаляйте объекты метаданных.
Не забудьте сделать бекап.
Можно конечно выгрузить конфигурацию в xml и удалять уже там, но по времени думаю будет то же самое
(2) Этого мало. Если конфигурация на поддержке у двух и более поставщиков, то можно снять с поддержки не основные конфигурации и там-же выполнить сравнение, объединение с конфигурацией поставщика. Но перед этим нужно правила поддержки просмотреть и изменить правило "Объект поставщика снят с поддержки".
