Открываю журнал Банковские выписки за 9.11.2018. Внизу итоговая строка: списано ХХХ. Формирую ОСВ по сч. 51 - оборот такой же ХХХ. Но эта цифра не соответствует действительности. Если сформировать реестр документов за 9.11 или тупо просуммировать на калькуляторе все цифры - получается на 25000 больше. Документы перепроводили, итоги пересчитывали.... В чем может быть проблема?

Или в ДНК, или операцию ввели в ручную, или в ручную проводки скорректировали, или ..., или ...
Но думаю, вам стоит обратиться к специалисту.
PS: Наберут на флот по объявлениям...

Ну, не знаю как там у Вас на флоте, а мы ручные операции и корректировки проводок проверили первым делом... нет там ничего.

У вас Оборот по счету за выбранный день отличается или остаток?
Если оборот, то сравнивайте карточку по счету за этот день с реестром документов.

Можно сравнить Журнал проводок и Журнал операций.

бывает у банков такая фигня, когда изменят что-то в формате выгрузки(накосячат), а потом вернут обратно.