В чем причина изменения разрядности при присвоении номера при записи документа в рамках организации, был № Ф000000002 стал Ф003, только по 1 организации

ищи номер Ф002

нумерация формы и объекта = автоматическая

(2) это не мешает шаловливым ручкам изменить вручную