Сейчас получилось создать 2хмл файла конфигураций из 2 баз, загрузить эти файлы в базу конвертации. Что там дальше делать?

А зачем? В конверташке 3 все правила в общем модуле. Проще всего прямо там и править.

Хотя из-за того, что там десятки тысяч строк, синтаксис помощник там начинает адски тормозить.