Итак имеем в СКД 2 не связанных между собой внешних набора данных. По настройке сначала выводятся группировки по первому набору, затем отдельно по второму в одном табличном документе.
Как убрать шапку таблицы второго набора данных, если он пустой?

если безусловно, то так

http://1cskd.ru/2011/10/kak-ne-vyvodit-shapku-tablicy/
https://forum.infostart.ru/forum9/topic202215/

если с условием, что набор непустой - надо думать. кроме постобработки ничего в голову не приходит