Часть торговых точек обновляется из хранилища расшаренного через вэб сервер, хочу как-то автоматизировать работу с хранилищем, команды пакетного запуска конфигуратора для создания пользователей хранилища есть, удалить или проверить список я так понял никак нельзя, выходит только рукам сверять?

подниму, может кто чего знает.

не стоит обновляться из хранилища

Напротив, самое оно. Только отдельное конечно же, "предпродовое".