Сам не местный, но нужно написать доработку для БП 3, вот вижу такие ставки НДС, в чем между ними разница?

Разница в том, к какой цене (и сумме) их применять: первую применяют там где цена с НДС, вторую - где без.

Так сказать, входит ли НДС в базу или не входит

Типа цена включает НДС или нет?

Да

Ставки вида 20%/120% пришли вроде из налогового кодекса, где описан расчет НДС с аванса.
При расчете НДС с аванса он считается с суммы аванса (налоговой базы), в которой НДС включен, и ставка обозначена как 20%/120% (так назваемая расчетная ставка), и больше вроде нигде не применяется (ну может в каких-то специфических случаях).

А в реализациях в ТОРГ-12 всегда фигурирует сумма без НДС, там 20%. Даже если в электронном документе у тебя суммы с НДС указаны, то все равно ставка в документе указывается 20%. Так как налоговая база - сумма реализации без НДС.

(3) Нет. Не цена, а налоговая база.

(5) >> может в каких-то специфических случаях.

Когда мы выступаем налоговым агентом, рассчитывая и уплачивая налог за поставщика. Например, когда поставщик - нерезидент, и ещё пара случаев, именуемых в БП "Аренда (абзац 1 п. 3 ст.161 НК РФ)" и "Реализация имущества (абзац 2 п. 3 ст.161 НК РФ)".

Сумма выставляется нам в полном объёме (без выделения налога). Иного способа рассчитать сумму налога, кроме как, умножив на 20 и разделив на 120 (или 10/110), нет.

(7) Да, еще вроде по налоговым агентам, и все

http://skrinshoter.ru/s/140819/FYH2cVMo
сложна