Нужно кое-что у пользователя спросить во время выполнения программного кода, причем этот вопрос довольно сложный - нужно делать свою форму, но модальность отключена. Что тут можно сделать?

http://skrinshoter.ru/s/031019/4F62ZEcb

Сделать можно

разбить код на блоки и познать радость обратных вызовов

(1) там не разбирается мой пример. Есть большая транзакция. В одном из циклов нужно открывать модальное окно (его альтернативу) и дальше итерация цикла работает с выбранным значением

(4) Дак это и есть использование модальности. Ваша логика не корректна, переделывайте.

(4) твой пример плохой. так больше не делают.

(5) эх...

(7) посчитай и узнай все что тебе надо до начала транзакции проведения.
чтобы не считать по два раза, помещай промежуточные данные в дополнительныесвойства объекта.