Используем УПП (партионный учет) раздельный учет НДС, так как есть реализация услуг как с НДС так и без НДС. Используется документ Распределение косвенных расходов. Амортизация списывается на 26 счет. Почему при заполнении документа Распределение косвенных расходов не используется Амортизация (счет 19.01)?

(0) Потому что амортизировать НДС УПП не умеет. Насколько это правильно вообще вопрос спорный.

Смотри регистр НДСКосвенныеРасходы