Такой вопрос, когда настраиваю синхронизацию между зуп и бух (типовым способом, из зуп выгружается сводно по сотрудникам ) при обмене уже из бух в зуп переносится еще куча физ лиц, контрагентов
(их нельзя сопоставить, в зуп таких нет). Можно ли настроить синхронизацию только в одну сторону, т.е. чтобы из зуп прилетал в бух только документ отражение зарплаты в бухучете и все ??? (желательно типовым способом, не меняя правил)

(10) Он субконто твои переносит. Или не нужны они?

он в зуп потом еще грузит физ лиц, подразделения, пользователей из бухгалтерии (справочники), а мне надо чтобы он при синхронизации только в бух грузил документ отражение зарплаты в бухучете, а из бухгалтерии в зарплату ничего не прилетало

(2) Смотри, к примеру, здесь http://catalog.mista.ru/public/1202561/

(2) Перед каждой синхронизацией снимай с регистации на узле все в Бух и будет тебе счастье

Из бухгалтерии в ЗУП должны прилетать как минимум Способы отражения з/п в бухучёте (справочник). А вообще всё гибко настраивается в обоих программах в Настройках синхронизации.