Что-то давно не было интересных вопросов :))

Нужно в ЗУП 3 сгенерить несколько тысяч зарплатных документов, отпуска, больничные, командировки
С целью проверить, какие там программа насчитает суммы и сравнить их с теми же данными в другой программе

На входе все константное (организация, дата, период отсутствия и пр.), сотрудники представлены списком уникальных табельных номеров

Как бы вы решали задачу?

Поставил бы задачу расчетчикам)

"и сравнить их с теми же данными в другой программе" - тут только перенос.

Насколько все стандартное? Если пакеты документов только сотрудниками отличаются, то эталонный пакет завел бы руками а остальные сгенерил программным копированием с заменой сотрудников.
Очевидно же вроде, не?

Если речь идет о том переходить на ЗУП 3 с другой учетной системы или нет, то задача поставлена некорректно, т.к. результаты расчета все равно будут разными плюс/минус.
Если речь идет о том, что мы перешли на ЗУП 3, находимся в тестовой эксплуатации и нужно сверить результаты расчета с текущей системой, то лучше делать руками, т.к. во-первых, пользователи набьют руку, а во-вторых, как ты правильно заметил, есть куча обработчиков на форме

Баян.
Через менеджера и клиента тестирования 1С, на которых какая-нибудь Ванесса или Тестер работают.

(0) Написал бы RPA робота