Довольно интересное и неоднозначное решение у 1С распределить на два справочника эти сущности и распределить именно так.
С одной стороны объектом расчетов может выступать только договор, с другой все интересные параметры - этапы графика оплат в соглашениях. Там же и скидки.

Мы можем всегда указать доп.соглашение по конкретному договору и тем самым в особых случаях изменить график платежей.

С другой стороны имея на руках два договора и два соглашения, можно построить 2*2=4 комбинации, но реальные сроки оплаты, то жестко описаны в договоре! Хотя опять же может иметь место доп.соглашение.
В общем все ради правильного построения порядка расчетных документов.

В общем пока пилим РС "СоглашенияПоДоговорам", где есть измерения Договор и Вид соглашения, ресурс - соглашение. По умолчанию доступна связка только базового соглашения, далее другие виды доп. соглашений.

Кто-нибудь с подобным?

Ни у кого нет нескольких договоров?