Почему какие-то новые функции зависят от режима совместимости конфигурации, а какие-то только от версии самой платформы?
Например, функция СтрНайти доступна только начиная с версии 8.3.6. Если на платформе 8.3.18 поставить режим совместимости 8.3.5, то она не работает.
А ГРУППИРУЮЩИМ НАБОРАМ в языке запросов доступна начиная с версии 8.3.16, но режим совместимости на нее никак не влияет. Если платформа 8.3.18, то режим совместимости можно даже 8.3.5 поставить она будет работать.
Связано ли это с тем, что если новая функция пришла на замену старой, то она будет зависеть от режима совместимости, а если это абсолютно новая функция, то она зависит только от версии платформы?

Нет, не связано

(1) тогда с чем это связано? Как 1С захочет? Никакой логики в этом нет?

(1) Вообще вполне логично. Обычное обеспечение обратной совместимости.

Или это связано с тем, что сами 1С до версии 8.3.6 назвали в каком-то модуле функцию СтрНайти, и чтобы она работала на новых версиях платформы сделана зависимость от режима совместимости?

"Как 1С захочет?"

Да.