Подскажите, зачем при настройке обмена между базами с использованием подсистемы "Обмен данными" БСП, необходимо создавать файл (.zip с правилами обмена в обе стороны) и указывать его В ОБЕИХ БАЗАХ? Что будет если обновить правила только в одной базе, а в другой забыть?

он правила уже не пишет в файл обмена

Допустим есть База1 и База2

В Базе1 хранятся правила обмена: ExchangeRules.xml(1) и CorrespondentExchangeRules.xml(2)
В Базе2 хранятся правила обмена: ExchangeRules.xml(3) и CorrespondentExchangeRules.xml(4)

Какие правила используются для обмена База1 -> База2? 1 или 4?
Какие правила используются для обмена База2 -> База1? 3 или 2?

(0) В базе-корреспонтенте, вылетит вылетит ошибка. По крайней мере если обмен настроен через общий каталог. Там обмен как-то через одно место реализован - сначала грузятся типы объектов корреспондента, потом объекты.

(2) И зависит ли это от того с какой стороны запускается обмен?

OnTop

При выгрузке используются правила БазаИсточник-БазаПриемник в базе Источнике.
При загрузке (алгоритмы работы на стороне загрузки) используются правила не из пришедшего файла, а из приложенных правил загрузки в базе получателе.

Моё мнение: видимо так придумали, чтобы при обновлении одной базы (допустим, базы Получателя), не корректировать правила на стороне источника в случае, если не было изменений структуры данных.
Решение вида "хромая лошадь": вроде едет, но чтобы разогнать, нужно еще самому толкать.

К тому же усложнило поддержку. Т.е. при изменение структуры данных нужно изменять правила и там, и там.

Устрой тестирование. Измени правила только одной базе. Выгрузи и загрузи. Можешь после этого сравнить начало файлов, что пишется в файлы при выгрузке из обеих баз с разными правилами. Самих правил там не будет, но идентификаторы правил должны быть и ты их наверняка увидишь.