Правильно я понимаю что по индексам в 1С ничего нельзя узнать, но есть какието хитрые запросы по статистике SQL которые могут помочь?

Можно ли до перевода регистров на агрегаты узнать какие агрегаты 1С сама рекомендует?

Она рекомендует проанализировать данные которые ты выбираешь и при надобности оптимизировать их через агрегаты. Далее эффективность уже созданных агрегатов можно оценить в сервисном окне управления итогами.

В ИР вроде есть https://www.hostedredmine.com/issues/919041

https://www.sql.ru/forum/940111/rekomenduemye-indeksy-dlya-tablicy-sredstvami-sql-serv-managment-studio