В режиме отладчика ставлю точку остановки в цикле и по F5 двигаюсь по циклу с остановками, затем снимаю точку останова, но она продолжает срабатывать по F5 и я не могу выйти из цикла.

Поставь заново и удали.
Или перезапусти 1с

(1) Да в том и проблема, что нужно каждый раз 1С-ку перезапускать.

Ставь условный останов дабы не мудохаться на каждом шаге

(2) А платформа, часом, не "кривобоко" установлена? Типа, методом тупого копирования папки 1Сv7?
Просто такого глюка не наблюдал ни разу. На новых виндах (выше 7-ки, по-моему) есть затык, что каждый шаг в Отладчике перепрыгивает в окно Предприятия, пока его не свернешь штатной кнопкой окна "_"
(3) Ну, может, человек хочет проверить несколько итераций, пока не убедится в своих косяках))

Точка останова случайно не в функции, которая вызывается при обновлении формы и возвращает какой то текст?

(4) "На новых виндах (выше 7-ки, по-моему) есть затык, что каждый шаг в Отладчике перепрыгивает в окно Предприятия,"
- чинится убиванием dwm.exe в процессах. но в 10-ке он как-то глубже интегрирован и если его прибить он быстро возрождается аки феникс

(6) помнится была даже специальная приблуда для решения этого вопроса без убивания dwm

(4) такая фигня и в 8ке присутствует, но там , возможно, это связано с нелицензией винды(ибо  без лицухи даже окна из кучи не распределишь на панели задач)

(7) нашёл! Отладчик теряет фокус? Есть решение.