Есть база УПП, на данный момент файловая. Сделано сворачивание данных стандартной обработкой. После этого остались документы помеченные на удаление. некоторые документы участвуют в свертки базы.
Стандартная обработка удаления не вариант, помеченных доков > 1мил.
Вариантов удаление вижу 2:
1. Закинуть базу на СКУЛЬ и там попробовать написать умное удаление. Минус - не селен в данной области. Ограниченность ресурсов.
2. Написать в 1С по каждому документу проверку на вхождения в регистры. Если не входит то удалять непосредственно.
3. ...
Прошу совета в каком направлении пойти

взять ир и удалять порциями.
Или написать фоновое, которое кусками буде чистить

Пакетно не вариант 1000 элементов, ждал 30 минут не дождался.

Есть обработка пакетного удаления, отлично удаляет, порциями по 20 документов (параметрически, 20 по умолчанию). Вечером запустил, утром пришел - все почищено.

Если быстро, то SQL. На Инфостарте можно найти.
Если просто автоматом, то ночной регламент. Удаление + сжатие базы.

пытался тоже не по ИТС, но вернулся к обработке с ИТС. Долго, но уверенно )