Собственно как обойти и сделать так чтобы при ручном изменении после проведения виды запасов остались те что были изменены в ручную.

В некоторых конфигурациях есть галка типа ручные проводки, а не автоматические.

Но по-хорошему, нужно менять алгоритм выбора видов запасов