Создаем акт расхождения после реализации на ордерном складе. Выбираем пункт изменить реализацию отрабатываем документ, создаем ордер. После этого остатки и доступность встают как надо, товары организации встают как надо, товары на складах больше на это количество. Если ордер убрать остатки и доступность меньше положенного и зависают товары к оформлению излишек и недостач. Кто-нибудь сталкивался с этим, как правильно оформить, чтобы все везде встало как надо, может что то упускаю из вида. в 11.4 с этим проблем не было