У заказчика есть УТАП и БП. У заказчика подключенное ЭДО в обоих базах. Заказчик хочет чтобы документы по части контрагентов летели в одну базу, ну или по каким то признакам, а по иным в другую. Я не особо то в теме ЭДО. Разобраться поразбиравшись с ЭДО смогу наверное, но возможно кто-то подскажет, посоветует как такое осуществить. Как разруливать документы прилетающие по ЭДО между двумя разными базами конфигурациями

Проверить id эдо в двух базах. Если совпадает, то в одной базе удалить и создать новое подключение и получить новый id, такое возможно.
Пригласить с новым id нужных контрагентов.

Да. Контаргент будет выбирать, куда документ будет улетать. Обычно это два разных договора заводят, если 1с эдо. В назначении записи обычно прописывают, для каких целей эдо, что бв контрагент мог определиться.