регистр непериодический и независимый, про такой в итс пишут что для всех измерений будет прописан индекс в том порядке в котором они идут
"[ОРРХ | ОРНР1 +] Измерение1 + [Измерение2 +...] (Кластерный)
Есть хоть одно измерение регистра.
Индекс, включающий все измерения в том порядке, в котором они заданы при конфигурировании.
Индекс кластерный, если регистр независимый."

Копался искал, нигде не нашел:
Если у измерений не будет признака ведущего
и будет выставлен признак "Не индексировать", то индексы не будут созданы? А если переключить это свойство на уже созданный регистр то индексы будут удалены?

(0) Кластерный в любом случае будет, но он меньше всего места занимает
[ОРРХ | ОРНР1 +] Измерение1 + [Измерение2 +...] (Кластерный)

Да, если везде все отключить, то другие индексы (кроме кластерного) будут удалены.
Если у измерения 2..N включить свойство ведущее, то будет создан доп.индекс (помимо кластерного).

(1) Чисто теоретически - кластерный индекс вообще места не занимает, ну, кроме служебной колонки ID.

Кластеризованный индекс это не отдельная сущность как другие индексы, а механизм сортировки данных в таблице и облегчения быстрого доступа к строкам с данными.
https://habr.com/ru/articles/247373/

(2) Ну я по отчетам MSSQL смотрел только, в теорию не вдавался. Там копейки какие-то, на 40Гб может 100мб кластерных индексов, а вот доп.индексы сразу гигайбайты.

Если у измерений не будет признака ведущего
и будет выставлен признак "Не индексировать", то индексы не будут созданы?
будет индекс
признак "Индексировать" смысла нет ставить для первого измерения, ибо он будет по сути повторять основной индекс