Приветствую.  После обновления ЗУП до 3.1.31.13 стерлась настройка синхронизации через веб-сервер (насколько я помню, этот пункт именуется как Интернет (веб-сервис)), теперь в списке есть только Интернет (http), но при указании корректных данных при проверке подключения пишет "Аутентификация пользователя не выполнена". В БП все проверяется, и из нее данные проходят, а обратно - нет. Базы опубликованы через 1с линк. У всех так?

Да, к сожалению, пока так.
Сделал у себя расширение для исправления, чтобы в настройках вернулся вариант обмена через Веб-сервис.

В плане обмена ОбменЗарплата3Бухгалтерия3, добавил код в процедуру ПриПолученииОписанияВариантаНастройки
...
    ТранспортыСообщенийОбмена = Новый Массив;
    ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаFILE);
    ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаHTTP);
    ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаПассивныйРежим);
    #Вставка
    ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаWS);
    #КонецВставки
    Если Не СтандартныеПодсистемыСервер.ЭтоБазоваяВерсияКонфигурации() Тогда
        ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаFTP);
        ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаEMAIL);
        ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаCOM);
        ТранспортыСообщенийОбмена.Добавить(Обработки.ТранспортСообщенийОбменаSM);
    КонецЕсли;
...

Вот не сиделось вам на 3.1.30, охота быть тестерами

(1) Спасибо, добавил, пункт появился, странно что 1С до сих пор ничего не сделала

(3) Сделает. Удалит на стороне БП веб-сервис, который сейчас принимает данные из зупа