Несколько раз пытался написать здесь сообщение, но появлялась новая мысль и эксперимент начинался снова)
Очень не очевидно реализована эта функция. Сделал немного костыльно, так как нормального описания не нашел. Может кому понадобиться, то можете использовать на свой страх и риск ))
письмаП = Почта.Выбрать(Ложь,Заголовки,Ложь);
ФлагСообщения = Новый ФлагиИнтернетПочтовогоСообщения();
ФлагСообщения.Прочитанное = Ложь;
ФлагиСообщенийIMAP = Новый Соответствие;
Для Каждого элм из письмаП Цикл
ФлагиСообщенийIMAP.Вставить(элм.Идентификатор[0], ФлагСообщения);
КонецЦикла;
Почта.УстановитьФлагиСообщений(ФлагиСообщенийIMAP);